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Dernière mise à jour : Mai 2018

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1er colloque R-Syst - Taxonomie Intégrative - de la génomique aux collections

 

Taxonomie Intégrative : De la génomique aux collections

1er colloque R-Syst / MNHN

du 12 au 14 octobre 2015 INRA Versailles-Grignon RD 10, 78000 Versailles, France

Programme du Colloque: Taxonomie Intégrative: De la génomique aux collections

lundi 12 octobre 2015

13:00 - 14:00 : Accueil

Distribution des badges et des programmes.

14:15 - 19:00 : session 1 - Taxonomie intégrative en lien avec les collections

14h_14h15 Introduction
14h15_14h55 Microbial Resource Research Centers as Centers of Excellence, Erko Stackebrandt (Leibniz Institute DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures, Germany)
14h55_15h35 Données moléculaires et herbiers, Jérôme Munzinger  (Institut de Recherche pour le développement (IRD) - UMR AMAP, France),
15h35_16h Taxonomie intégrative du complexe Praomys tullbergi (Rodentia, Muridae), Violaine Nicolas-Collin (Muséum national d’histoire naturelle – UMR 7205, France)
   
16h_16h30 PAUSE  CAFE
   
16h30_17h10 Place des collections dans les pratiques actuelles de la taxonomie des Protistes Philippe Grellier  (Muséum national d’histoire naturelle – UMR MCAM 7245, France)
17h10-17h35 Apports de la taxonomie intégrative dans la résolution de deux groupes d’espèces au sein du genre Eupelmus (Hymenoptera: Eupelmidae), Fadel Al khatib (INRA, UMR 1355-7254, France)
17h35_18h West pike story : Mitogénomique et ichtyofaune française, Agnès Dettai (Muséum national d’histoire naturelle – UMR 7205, France)
18h_18h25 Ribodb A dedicated database of prokaryotic ribosomal proteins, Frédéric Jauffrit (UMR CNRS 5558 - LBBE, Université Claude Bernard, France)
18h25_19h présentation des posters

mardi 13 octobre 2015

08:45 - 12:55 : session 2 - Métagénomique et exploration de la biodiversité

8h45_9h25 La biosphere rare microbienne: mythe ou réalité ? Didier Debroas, (UMR CNRS 6023, France)
9h25_10h05 "Atouts et limites de la métagénomique du sol". Pascal Simonet  (Environmental Microbial Genomics Group, UMR CNRS 5005, France)
10h05_10h30 Inférence de l’évolution de Mycobacterium tuberculosis pendant un siècle de transmissions in natura, Nicolas Radomski (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail, France)
   
10h30_11h PAUSE  CAFE/POSTER
   
11h-11h40 “DNA metabarcoding” et biodiversité, Pierre Taberlet (CNRS, Laboratoire d'Ecologie Alpine, UMR 5553, France)
11h40_12h05 Métabarcoding des communautés environnementales de diatomées d'eau douce : premier bilan des approches, Agnès Bouchez (INRA - UMR Carrtel, France)
12h05_12h30 Caractérisation de la biodiversité sur jeux de données NGS : utilisation du calcul intensif, Alain Franc (INRA - UMR BioGeCo, France)
12h30_12h55 Génomique comparée de Thermotogales mésophiles du genre Mesotoga isolées d’environnements pollués, Gaël Erauso (Aix-Marseille Université, Université du Sud Toulon-Var, CNRS/INSU, IRD, Mediterranean Institute of Oceanography (MIO), UM 110, France)

14:00 - 18:30 : session 3 - Assignation, diagnostic, bioindication

14h_14h40 Epidémiologie génomique des pathogènes bactériens Sylvain Brisse (Institut Pasteur, Unité Génomique Evolutive des Microbes, France)
14h40_15h20 Utilisation du métabarcoding pour l'évaluation de la qualité des eaux douces à l'aide des communautés de diatomées (micro-algues bioindicatrices), Frédéric Rimet (INRA, UMR0042 CARRTEL, France)
15h20_15h45 Simplified MLSA schemes for species identification of plant-pathogenic bacteria, Perrine Portier (INRA, IRHS UMR 1345, CIRM-CFBP, SFR 4207 Quasav, France)
   
15h45_16h15 PAUSE CAFE/POSTER
   
16h15_16h55 Le diagnostic en virologie végétal et l’impact des nouvelles technologies sur cette discipline, Pascal Gentit, (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de la santé des végétaux, France)
16h55_17h20 Du nouveau dans le groupe Pseudomonas syringae : un cadre général de classification et des outils simples et rapides d'identification, Odile Berge (INRA - UR0407 Pathologie Végétale, France)
17h20_17h45 Du diagnostic visuel au séquençage : Lycovitis un outil de diagnostic intégratif pour la tomate et la vigne. Jean Claude Streito       (INRA, UMR 1062 CBGP, France)
17h45_18h10 Histoire évolutive de Xanthomonas arboricola, espèce bactérienne phytopathogène, Marion Fischer-Le Saux      (INRA, IRHS UMR 1345, CIRM-CFBP, SFR 4207 Quasav, France)
18h10_18h30 Session posters

mercredi 14 octobre 2015

08:45 - 12:30 : session 4 - Sous forme de table ronde: Revisiter la notion d’espèce

8h45_9h20 Identifier les espèces : dans quel cadre ?, Anouk Barberousse (UFR de Physique, Université Lille 1, France), Sarah Samadi, (Département de Systématique et Evolution - UMR 7138, Museum National d’Histoire Naturelle, France)
9h20_10h Délimitation pratique de l'espèce : ce que ça nous a appris sur sa nature, Rémy Petit (UMR Biodiversité Gènes et Communautés, INRA UMR1202, France)
10h_10h25 Les quasi-espèces existent-elles ? Apport de la  génomique, François Bonhomme, (Institut des Sciences de l’Evolution, CNRS UMR5554, France)
10h25_10h45 Discussions
   
10h45_11h15 PAUSE CAFE
   
11h15_11h55 Concepts et critères d'espèces - applications chez les champignons,Tatiana Giraud (UMR Ecologie, Systématique et Evolution, Evolution et Systématique Laboratoire ESE, France)
11h55_12h30 Discussions